نینجا (یا در ژاپن شینوبی) به مبارزان مخفی در دوران ژاپن فئودال گفته میشود. نینجا در لغت امروزی به هنرجویان سبک( نینجوتسو) گفته میشود. نینجاها تخصصشان در جنگهای غیرمتعارف بود. آنها معمولاً برای جاسوسی، خرابکاری، نفوذ، ترور، جنگ چریکی و عملیاتهای مختلف و گاهی هم برای مبارزات مستقیم استخدام میشدند و از مهارت رزمی و روش جنگی نینجوتسو استفاده میکردند. کاربرد این کلمه به هنرجویان مهارتهای رزمی نینجوتسو اشاره دارد. نینجاها در مقابل ساموراییها بودند. ساموراییها نجیبزادگانی بودند که از طبقه بالای جامعه محسوب میشدند و از لحاظ مهارت و فن، حرفهای بودند. نینجاها از طبقه پایین جامعه و اکثراً کشاورز یا کارگر بودند که تحت ظلم و ستم قرار گرفته بودند و از این رو هنر نینجوتسو را آموخته و به نینجاهایی تبدیل شدند که وحشت بر دل ساموراییها میانداخت. نینجاها به دلیل اینکه از طبقه بالا نبودند و نمیتوانستند در مقامهای دولتی باشند معمولاً برای افراد خاصی کار میکردند و اکثراً عملیات ترور انجام میدادند.
تاریخ پیدایش نینجاها چندان مشخص نیست اما بسیاری از منابع به حوالی قرن ۱۴ اشاره میکنند.و لغت «شینوبی» نیز تا قرن ۱۵ دیده نشدهاست.
در افسانههای ژاپنی آمده که نینجاها از نسل هیولایی هستند که نیمی انسان و نیمی کلاغ بود. بر اساس بیشتر منابع تاریخی نینجاها به تدریج خود را به عنوان نیروی مخالف همتایان طبقه بالاتر خود یعنی ساموراییها در دوران حکومت فئودالها بر ژاپن مطرح کردند و تکامل این هنر رزمی بین قرن ششم تا نهم میلادی در ژاپن اتفاق افتاد. پس از سقوط دودمان تانگ در چین در سال ۹۰۷ میلادی، تعدادی از فرماندهان نظامی چینی به ژاپن آمدند و تاکتیکها و نظریات جدید جنگی را با خود به این جزیره آوردند. در دهه ۱۰۲۰ میلادی هم راهبانبودایی چینی وارد ژاپن شدند و دانش پزشکی و نظریات جنگی خود را هم که بسیاری از آنها از هند ریشه گرفته و در تبت و نقاط مختلف چین تکامل یافته بود به ژاپن آوردند و روشهای خود را به راهبان جنگجوی ژاپنی و اولین طایفههای نینجا آموختند. دایسوکه توگاکوره سامورایی خلعشده، و کاین دوشی راهب جنگجوی چینی، نخستین نینجاهایی بودند که برای اولین بار قواعدی را برای این هنر رزمی تدوین کرده و جانشینان دایسوکه نیز نخستین نینجا ریو یا مدرسه نینجوتسو را با نام توگاکوره ریو تأسیس کردند. نینجوتسو به این ترتیب رقیبی برای مکتب بوشیدوساموراییها شد. ساموراییها وفاداری و شرافت را بر هر چیز مقدم میداشتند و بوشیدو سیستم رزمی آنها بسیار اصیل و منسجم بود اما روشهای جنگی آنها همیشه کارآمد نبود. برتری نینجاها درست در همین مسئله بود. نینجاها انجام مأموریت به هر شکل ممکن را بر هر چیز مقدم میداشتند. حمله ناگهانی، مسموم کردن، فریب و جاسوسی از نظر ساموراییها ناجوانمردانه بود اما از روشهای اصلی رزمی نینجاها بهشمار میآمد.